El encuentro tiene como propósito  aunar esfuerzos y establecer un espacio de diálogo interjurisdiccional entre el Sistema Judicial Nacional y la Jurisdicción Especial Indígena, que fortalezcan la política pública existente en materia de reconocimiento, coordinación y apoyo al ejercicio de la administración de justicia propia de los pueblos indígenas.

En el año 2012 se han producido importantes debates sobre el alcance de las facultades constitucionales de las  autoridades  indígenas en la regulación y  juzgamiento de miembros de estos pueblos, debate que está pendiente y que viene siendo objeto de encuentros regionales entre estado y pueblos indígenas, proceso  que culmina  con la convocatoria de esta comisión de alto nivel, que deberá concluir con las líneas generales de un Plan de Acción de coordinación de justicias.